선행 조합설립인가처분의 하자를 이유로 취소 내지 무효확인소송이 제기되자 새롭게 적법한 요건과 절차를 거쳐서 조합설립변경인가를 받은 경우 선행 조합조합설립인가처분이 취소 또는 무효판결을 받더라도 후행 조합설립변경인가처분이 유효하여 조합이 사업을 계속 진행할 수 있는 것인지가 실무상 많이 문제되었다. 이에 대해 대법원은 “정비사업조합(이하 ‘조합’이라고 한다)에 관한 조합설립변경인가처분은 당초 조합설립인가처분에서 이미 인가받은 사항의 일부를 수정 또는 취소·철회하거나 새로운 사항을 추가하는 것으로서 유효한 당초 조합설립인가처분에 근거하여 설권적 효력의 내용이나 범위를 변경하는 성질을 가지므로, 당초 조합설립인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우에는 이에 터 잡아 이루어진 조합설립변경인가처분도 원칙적으로 효력을 상실하거나 무효라고 해석함이 타당하다. 그리고 이러한 법리는 당초 조합설립인가처분 이후 여러 차례 조합설립변경인가처분이 있었다가 중간에 행하여진 선행 조합설립변경인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우에 후행 조합설립변경인가처분의 효력에 대해서도 마찬가지로 적용된다고 새겨야 한다.다만 조합설립변경인가처분도 조합에 정비사업을 시행할 수 있는 권한을 설정하여 주는 처분인 점에서는 당초 조합설립인가처분과 다르지 아니하므로, 선행 조합설립변경인가처분이 쟁송에 의하여 취소되었거나 무효인 경우라도 후행 조합설립변경인가처분이 선행 조합설립변경인가처분에 의해 변경된 사항을 포함하여 새로운 조합설립변경인가처분의 요건을 갖추고 있는 경우에는 그에 따른 효과가 인정될 수 있다. 이러한 경우에 조합은 당초 조합설립인가처분과 새로운 조합설립변경인가처분의 요건을 갖춘 후행 조합설립변경인가처분의 효력에 의하여 정비사업을 계속 진행할 수 있으므로, 그 후행 조합설립변경인가처분을 무효라고 할 수는 없다“고 판시함으로써 후행 조합설립변경인가처분이 새로이 조합설립인가처분을 받은 것과 동일한 요건과 절차를 거쳐 변경인가처분을 받은 경우에는 후행 조합설립변경인가처분은 유효하므로 선행 조합설립인가처분이 취소 또는 무효로 된다 하더라도 정비사업을 계속진행 할 수 있다는 입장이다(대법원 2014.05.29. 선고 2011다46128 판결).
